软件功能的匮乏，一直以来都是Linux桌面无法留住用户的主要原因。最大的原因莫过于微软Office套件：根据本次用户的反馈情况，有82.7%的受访者在工作中需要用到Word，69.2%需要用到Excel，67.6%需要用到PPT。对于国内的Linux用户而言，微软Office套件在Linux平台上有三个主要的对应软件：OpenOffice.org(由于Sun被收购而由甲骨文维护，而甲骨文前日将其交给了社区)，LibreOffice(OpenOffice.org的衍生产品，由开放文档基金会支持维护)，以及永中Office(永中科技的产品，但永中科技已经在数个月前宣告破产)。这三个软件当中，只有LibreOffice在目前处于一个比较稳定的状态;而就兼容性而言，三款软件对于Word、Excel和PPT的兼容性都在一个有限的范围内，如格式或公式、模板稍微复杂一些，便会遇到兼容性缺失的问题。
不过另一方面，Linux用户还可以使用Google文档、Zoho等Web版应用来进行Office的工作，不过兼容性方面，与上面所提到的三款软件有同样的问题。
